Ngày 13/3/2017, Cơ quan CSĐT Công an tỉnh Phú Yên đã khởi tố vụ án, khởi tố bị can và ra lệnh bắt bị can để tạm giam đối với Lê Minh Tâm về tội hiếp dâm trẻ em, theo quy định tại khoản 4 Điều 112 BLHS. Qua kiểm sát hồ sơ vụ án, VKSND tỉnh Phú Yên nhận thấy quyết định khởi tố bị can, lệnh bắt bị can để tạm giam của Cơ quan điều tra là có căn cứ, đúng pháp luật nên đã phê chuẩn quyết định, lệnh nói trên.
Theo hồ sơ, tháng 11/2016, Lê Minh Tâm và NTCT (sinh ngày 02/02/2004, là học sinh lớp 7 Trường THCS C) quen biết, kết bạn qua mạng xã hội Facebook rồi nảy sinh tình cảm yêu đương. Ngày 31/01/2017, T đến nhà rủ Tâm đi chơi. Đến khoảng 23h cùng ngày, Tâm rủ T vào nhà nghỉ tâm sự, T đồng ý. Sau đó, Tâm chở T vào nhà nghỉ thuê phòng nghỉ qua đêm rồi có hành vi giao cấu với T. Sáng ngày 01/02/2017, trên đường chở T về thì bị gia đình T đi tìm bắt gặp, Tâm bỏ xe chạy. Gia đình đưa T về hỏi, T khai ngoài lần quan hệ trên, vào ngày 25/12/2016, Tâm và T cũng đã vào nhà nghỉ thuê phòng theo giờ, tại đây Tâm giao cấu với T sau đó hai ngày mua thuốc ngừa thai cấp tốc đưa cho T uống. Sau khi nghe sự việc, gia đình đưa T đến Công an trình báo sự việc.
Hồng Minh